1、在人体与已经存在的益生菌之间，应该存在着一种平衡。如果在这种平衡没有建立之前就出现霉菌生长，那就会出现相应的疾病，比如常见的新生儿鹅口疮，就是在婴儿肠道正常菌群建立之前出现的一种霉菌感染。如果这种平衡被人为破坏，比如滥用抗生素，就可能出现与抗生素相关的腹泻、真菌感染等疾病。

2、益生菌与人体肠道黏膜共同形成屏障，一起抵御致病病原体对人体更深的侵害。
　　
3、益生菌还能合成人体所需的B族维生素、维生素K、蛋白质及一些酶，有利于肠道对维生素D、钙、磷、铁等的吸收，可促进婴儿神经系统的发育，还可产生抵御病菌的免疫球蛋白A。
　　
4、近年的研究表明，益生菌在促进人体抵抗致病病原体的同时，还可避免和减轻过敏的产生和发展。